V laboratoriju za imunopatologijo izvajamo direktne imunofluorescenčne preiskave (DIF) za opredelitev odlaganja imunskih reaktantov v tkivih in imunopatološke preiskave za opredeljevanje prisotnosti avtoprotiteles v serumu, ki skupaj s histopatološkimi preiskavami omogočajo celovito diagnostiko imunsko pogojenih bolezni.